水源染是“两虫”疾病大的源，后的救治成本远高于提前预防成本，已成为各国需要防控的公共卫生疾病。我国于2006年颁布的《生活饮用水卫生标准》在微生物学指标中增加了“两虫”的检验，对饮用水“两虫”指标进行监测的重要性可见一斑。“两虫”严重威胁着人们的饮用水，水质监测单位面临着严格的考验。
水体中“两虫”的检测方法多为磁分离法和荧光法。磁分离操作过程繁锁、要求手工操作且操作者需十分细心，仪器使用成本高、维护困难，检测难度较大，一定程度上限制了该检测法的实用性及普及性。荧光法借助的荧光显微镜来区分杂质和两虫。
水中检测“两虫”的意义
鉴于它们的孢囊或卵囊在受生活污水污染的地表水、处理不良的自来水中均可检出。美国自来水协会对美国1976—1994年间水媒性流行病作了调查，从数据显示：饮用水中由病原微生物引起的流行疾病，其暴发率只占24.5%，但致病率却高达82.5%。其他一些国家也有类似的因供水而引起的病原微生物暴发。基于贾第鞭毛虫致病剂量为10－100个活性孢囊，致病剂量较低，隐孢子虫致病剂量为1－10个活性卵囊。因“两虫”的孢囊和卵囊对人的小剂量非常接近的，假定人饮水量为2.5L/天，以10Ｌ水样为一个采样单位，其中“两虫”的孢囊和卵囊的数量小于1个即是安全的。在1998年，英国是个对饮用水中“两虫”提出量化标准的国家。随着我国经济的发展和水源污染的加剧，以及生活方式的改变，发达国家遇到的问题很可能也出现在我国，所以应引以为戒、未雨绸缪，为了保障饮用水安全，实施供水，国家上述标准和国家的《城市供水水质标准》（CJ/T206-2005）都把这“两虫”作为微生物指标来考核，限值均是在10升水中不得检出1个孢囊或卵囊。
常规水质检测方法：微量成分
水质的微量成分主要通过水质检测仪器进行分析。 这些主要包括原子吸收光谱法、气相和液相色谱法、等离子体发射光谱法。 系统地理解各种水质指标的含义至关重要。 对于任何水生生态环境，检测和分析结果都是通过严格挑选的指标进行的。 总之，水质的微量成分必须通过这些仪器进行检测。
氧化还原和电化学方法
典型的常规水质检测方法是氧化还原法和电化学法。 离子选择电极有水的电导率、氧化还原电位，以及包括pH在内的多种金属离子等各种指标。 其中大部分以溶解量和氯离子含量为指标。
在采集水样之前，必须做好有关的调查和了解。例如对于水体的采样，应事先了解流域范围内城市和工业的布局及废水排放情况，农业区化肥的使用及污水灌溉情况以及河流的流量、河床宽度和深度等水文情况；对于工业废水的采样，则应事先了解工厂性质、产品和原材料、工艺流程、物料衡算、下水管道的市局、排水规律以及废水中污染物的时、空量的变化等。
由于被分析的水体性质和分析目的、分析项目的不同，取样点、取样量、采样器和取样方法等也不尽相同。