荧光显微镜应用于水质“两虫”检测人们常说水是生命的源泉，可见饮用水质量的优劣直接关乎人类健康。常规的饮用水监测范畴包含色度、余氯、杂质、细菌数等物理、化学以及细菌指标的检测，除此之外，贾第鞭毛虫（Giardia）和隐孢子虫（Cryptosporidium）（简称“两虫”）是主要的导致人体腹泻的两种水源性原生动物，是影响水质不容忽视的重要因素，近年来水质监测领域对两虫的检测越来越重视。“两虫”主要通过被污染的饮用水或食物人类，其卵囊或孢囊个体微小、致病剂量低、抵抗环境压力强、方式简单、发流行且呈性分布，严重危害水质。人类对“两虫”疾病普遍易感，者多表现为急、、低热甚至等临床症状，绝大多数对其ZL无效，抵抗主要依赖于人体自身的。
EPA1623方法的操作简介：
“EPA1623方法”是由美国国家环保局制定的用于测定水中隐孢子虫和贾第鞭毛虫的标准方法。概括地说,该方法分为三部。，对水样进行过滤,收集水中的卵囊和孢囊；第二，利用磁分离来纯化过滤样品；第三，对纯化的样品通过荧光显微镜法来检测“两虫”的数量。
水样过滤：
将卵囊、孢囊及其他物质收集在过滤器上。该过滤器可用于实验室批量水样的过滤，也可以用于野外现场水样的过滤。
磁分离：
将离心后含有卵囊和孢囊的沉淀物用纯水混匀，并向其中加入磁分离试剂进行磁分离。其原理是：利用带有特异性的磁珠与样品中的目标产物G/C特异性抗原相结合，在磁场中选择性分离。
IFA 染色 & 镜检：
将卵囊和孢囊在井形载玻片上用磁荧光标记的单性和DAPI溶液着色后，用正置荧光和差分干涉相衬（DIC）显微镜对着色样本进行检测。
隐孢子虫和贾第鞭毛虫的纯化—磁分离技术:1999年美国在EPA1623方法中规定利用IMS{Immuo Magnetic Separation}磁分离技术Dynabeads来分选检测饮用水中隐孢子虫卵囊和贾第鞭毛虫孢囊，其原理是：利用带有特异性的磁珠与样品中的目标产物G/C特异性抗原相结合，在磁场中搞笑选择中分离。
3、IFA染色&镜检
待井形载玻片的纯化液干后，用NaOH中和井形载玻片上样品，再用Dynal公司的Aqua-GloTMG/C染色试剂盒，将卵囊和孢囊在井形载玻片上用磁荧光标记的单性和DAPI溶液着色后，盖上盖玻片。然后，OLYMPUS荧光和差分干涉相衬（DIC）显微镜对着色样本进行检测。观察样本，对符合卵囊和孢囊大小、外形、荧光特性的对象进行定性、定量分析。